琵琶湖・淀川水系が本来有していた豊かな生物多様性の具体的な実像を明らかにするとともに、直面している危機的状況について解説。あわせて生物多様性を回復、修復するために行政やNGO、市民が行っている様々な取り組みを紹介。

１章　生物多様性からみた琵琶湖・淀川水系
　　　1-1地史・地形からみた琵琶湖・淀川水系
　　　1-2琵琶湖・淀川水系の生物多様性
　　　1-3生存を脅かされる琵琶湖・淀川水系の在来生物
コラム 明治時代の地形図からみた琵琶湖岸の変化　

２章　琵琶湖・淀川水系の植物
　 2-1植物からみた琵琶湖・淀川水系の特質
　 2-2原野・準原野の植物と寒地性植物
　 2-3地形と貴重植物
　 2-4ヨシ原保全：何に配慮すべきなのだろうか？
　 2-5水鳥による水生植物の運搬機能と湿地保全
　 　2-6琵琶湖が育む照葉樹林：タブノキ林とその保全
コラム 湿地のネットワークを守る国際的枠組み
－東アジア・オーストラリア地域フライウエイパートナーシップ

３章　琵琶湖・淀川水系の魚貝類
3-1びわ湖の淡水魚のルーツ
　3-2内湖の原風景を知る－標本を用いた魚類相の復元
　 3-3在来魚と外来魚の繁殖環境の違い：西の湖の事例から
　 3-4淀川の原風景：ワンド・タマリと魚貝類
　　　　コラム　シーボルトが持ち帰った琵琶湖の淡水魚
　
４章　とりもどせ！琵琶湖・淀川の原風景
　　　4-1ヨシ保全と住民との関わり
　　　4-2市民による琵琶湖の自然再生－びわ湖よしよしプロジェクトと魚ののぼれる川づくり－
　　　4-3外来魚が侵入しにくい環境構造
　　　4-4コイ・フナ類の産卵に配慮した琵琶湖水位操作の試み
　　　4-5琵琶湖と田んぼを結ぶ取り組み
　　　4-6魚のゆりかご水田
　　　4-7淀川での自然再生の取り組み
　　　4-8桂川におけるアユモドキの保全